Stručno-znanstveni voditelj Univerziteta je Rektor, sukladno Zakonu i statutu.
Mandat Rektora traje četiri godine i može se ponoviti.
Rektor za svoj rad u domenu akademskih pitanja odgovara Senatu, a u domenu poslovanja Upravnom vijeću. Rektoru u obavljanju funkcije pomažu prorektori i tajnik.
Rektora u slučaju njegove odsutnosti ili spriječenosti u obavljanju svoje funkcije zamjenjuje prorektor.
Rektor može ovlastiti, u pisanom obliku, treću osobu iz reda zaposlenika, s točno naznačenim opsegom ovlaštenja i vremenom u kojem mijenja Rektora.
Rektor može imenovati radne, odnosno stručne grupe za izradu elaborata, analiza, prijedloga, stručnih mišljenja neophodnih za ostvarivanje svoje funkcije, odnosno za odlučivanje Upravnog vijeća o određenim pitanjima.
(1) Rektor univerziteta, obavlja poslove utvrđene Zakonom i statutom, a naročito:
Rektor Univerziteta, je odgovoran za provođenje zakona i izvršavanje odluka mjerodavnih tijela vlasti i tijela Univerziteta u obavljanju registrirane djelatnosti.
Rektor Univerziteta obvezan je poništiti, odnosno, obustaviti od izvršenja odluku, ako je protivna Zakonu, i drugim propisima, te Statutu Univerziteta.
Rektoru univerziteta prestaje mandat:
Rektoru u radu pomažu prorektori. Njihov djelokrug te prava i obveze utvrđuju se Pravilnikom o ustroju radnih mjesta.
Mandat prorektora traje do isteka mandata Rektora. Ista osoba može biti izabrana za prorektora najviše dva puta uzastopce.
Rektor može ovlastiti prorektore da ga zamjenjuju u zastupanju i predstavljanju Univerziteta te u pripremi i vođenju sjednice Senata.